Геймплей
Как и предшествующая игра серии, Invisible War предлагает нам играть от первого лица. По словам Уоррена Спектора, её не стоит пытаться категоризировать, так как она содержит в себе множество различных жанров.
Ролевые элементы
Игрок может получить имплантаты под названием «биомоды», которые являются эволюцией нано-улучшений из первой игры. Биомоды дают игроку новые способности, такие как невидимость, нейронный интерфейс с компьютерами или усиление мышц. У игрока есть пять «гнёзд» для биомодов, каждое из которых даёт различные способности на выбор. Но каждое гнездо может содержать только одну способность, заставляя игрока решать, какие из способностей нужнее. Биомоды можно улучшить дважды после установки, делая эти способности более эффективными. Некоторые биомоды используют био-энергию игрока, после чего её следует перезарядить, используя энергобатареи или ремонтных роботов. У игрока больше не повышается уровень опыта, но взамен разработчики отменили ограничения на точность стрельбы или использование предметов. Биомоды заменяют некоторые из технических способностей, включая компьютерные взломы. В отличие от Deus Ex, каждый из предметов в Invisible War занимает только одну ячейку инвентаря.
Элементы боя
Игра имеет несколько типов вооружения, включая холодное, огнестрельное оружие и гранаты. Многие типы вооружения могут быть изменены при помощи «оружейных модов», которые можно найти, либо купить в игре. Например, к таким «модам» относятся глушители, осколочные снаряды, увеличители убойной силы (всего восемь разновидностей). Для всех видов оружия в игре используется один тип амуниции (в игре это объясняется, как использование нанотехнологии для преобразования энергии в снаряды, соответствующие каждому оружию). Разные типы оружия требуют различное количество патронов: например, переносная ракетница использует больше амуниции, чем пистолет.
В отличие от первой части, у игрока нет очков здоровья для различных конечностей. Вместо этого, очки здоровья обобщены, но попадание в голову забирает больше очков, чем попадание в руку.
Имена
В оригинальной англоязычной версии игры имена некоторых персонажей пишутся в соответствии с распространённой англоязычной традицией — в виде двух букв, раздельное произношение которых образует имя. Наиболее заметный такой персонаж — JC Denton. JC произносится как «Джей Си» и образует имя Джейси. Другой пример — NG Resonance: произносится как «Эн Джи», образуя имя Энджи.
