Действие игры происходит в 2435 году[2] на планете рудокопов Хиллии, которая терпит нападения монстров-захватчиков — ДумЦ (англ. Domz). Враждебные существа похищают жителей планеты и вывозят их в неизвестном направлении. Элитное подразделение галактического спецназа — Корпус Альфа — доблестно защищает народ от враждебных пришельцев. Борцы вооружены самым современным оружием и техникой, и все уверены, что спецназ беспощадно истребляет пришельцев и восстанавливает порядок на Хиллии, но подпольная повстанческая организация ИРИС, противоборствующая ДумЦ, сомневается в правдоподобности действий Корпуса.

Главная героиня игры — Джейд, девушка 20-ти лет. Она живёт на небольшом островке с маяком, где они с дядей Пей’джем организовали приют для одиноких детей, родителей которых похитили ДумЦ. В один момент маяк оказывается не способен к защите от нападения, из-за этого в его территорию проникает Глаз ДумЦ, который схватив Джейд пытается помутить её разум, и в этот момент видно, что с ней через него пытается связаться Высший Глава ДумЦ — он постоянно твердит у неё в голове: «Шони! Шони!». Но Пей’Дж вовремя вмешивается, и вместе с Джейд они дают отпор. От Глаза остаётся только жемчужина, питающая жизненной силой многочисленные враждебные существа ДумЦ.

Однажды с Джейд связывается представитель повстанческой организации ИРИС, цель которой — доказать народу, что Корпус Альфа не защищает планету от пришельцев, а наоборот — всячески помогает им. Джейд, вооружившись фотоаппаратом и выбрав себе кодовое имя «Шони» и заручившись помощью дядюшки-свиньи, а также бравого бойца-репортёра сопротивления по имени Аш-Два (англ. Double H) отправляется в самые секретные места, чтобы сделать как можно больше компрометирующих снимков и передать их подпольщикам. Выясняется, что похищенных сначала держат на заводе пищ-пилюль, откуда их на челноках перевозят на Бойню, а оттуда на космических кораблях переправляют на базу ДумЦ, которая находится на Луне.

В одной из вылазок, когда Джейд сопровождал дядя Пей’Дж, её напарника обнаруживают и вместе с жертвами похищений отправляют на Луну. Но в скором времени Джейд обнаруживает недавно пропавшего агента ИРИС Аш-Два, находящимся в камере пыток. Освободив его она приобретает нового напарника, поддерживающей Джейд после случая с Пей’Дж.

Для всеобщего восстания населения против Корпуса Альфа, ИРИС организует план, в котором они должны опубликовать снимки, доказывающих преступления и предательства, на пропагандирующих экранах Корпуса. Передатчик сигналов находится на Луне, и Джейд и Аш-Два отправляются туда на «Белуге», космическом корабле, спрятанном в ангаре маяка. Агенты, достигнув передатчика, обнаруживают на базе ДумЦ бездыханное тело Пей’Дж. Джейд простившись с дядей уходит, пообещав вернуться за ним. Вдруг из ИРИС отправляют сообщение, говорящее, что Пей’Дж только что связался с ними. Джейд возвращается и встречает его живого и здорового. Он рассказывает, что она обладает особенным даром, и что она начинает совладать им. Отправившись в передатчик, троица выводит фотографии населению, и ИРИС, наконец, удаётся организовать мощное восстание против Корпуса Альфа. В финале Джейд встречается с Высшим Главой ДумЦ, который раскрывает ей правду: на самом деле Джейд не человек, а источник его силы — Шони. Когда-то ИРИС выкрала её, думая, что так ДумЦ будет обессилен. Но тот выжил, похищая людей и выпивая из них энергию. Джейд уничтожает Главу и освобождает похищенных.